ขั้นตอนการรักษาทางศัลยกรรมกระดูกขากรรไกร (Orthognathic treatment course) การรักษาด้วยวิธีศัลยกรรมกระดูกขากรรไกรใช้เวลา จนสิ้นสุดการรักษากินเวลาประมาณ 2 ปีเศษ  การรักษาด้วยวิธีนี้ค่อนข้างจำเพาะและประกอบขั้นตอนต่างๆหลายขั้นตอน ที่สำคัญคือเมื่อเริ่มการรักษาจะเป็นการยากที่จะย้อนกลับการรักษาหรือ เปลี่ยนเป็นการรักษาชนิดไม่ผ่าตัด ดังนั้นหากเริ่มทำการรักษาจึงควรอย่างยิ่งที่จะดำเนินตามแผนที่ได้วางไว้แต่ แรกจนสิ้นสุดการรักษา สิ่งที่ผู้คัดสินใจเลือกการรักษาด้วยวิธีนี้พึงตระหนักคือการรักษานี้มีขั้น ตอนและใช้เวลาในการรักษาโดยรวมค่อนข้างนาน ดังนั้นความเข้าใจในรายละเอียดของแต่ละขั้นตอนการรักษาและความร่วมมือของผู้ ป่วยจึงเป็นสำคัญที่สุดที่จะทำให้ได้ผลการรักษาที่น่าพึงพอใจทั้งการสบฟัน ที่ดีและโครงสร้างใบหน้าใหม่ที่สวยงามสมดุล โดยสรุปการรักษาประกอบด้วยขั้นตอนใหญ่ 3 ระยะคือ 1.ระยะเตรียมการก่อนการผ่าตัด (Preoperative preparation phase) 2.การผ่าตัดกระดูกขากรรไกร (Orthognathic surgery phase) 3.ระยะการจัดฟันหลังการผ่าตัด (Post-surgical orthodontic treatment phase) 1.ระยะเตรียมการก่อนการผ่าตัด (Preoperative preparation phase) ประกอบด้วยการตรวจบันทึกลักษณะโครงสร้างใบหน้าและการสบฟันอย่างละเอียด เพื่อใช้ในการวินิจฉัยและวิเคราะห์ให้ได้มาซึ่งแผนการรักษาเฉพาะในผู้ป่วย แต่ละราย จากนั้นจึงทำการดูแลรักษาช่องปากและฟันทั้งหมด เช่น การอุดฟัน รักษาโรคปริทันต์ การถอนฟันที่บูรณะไม่ได้ การผ่าฟันคุด เป็นต้น  หลังจากนั้นจึงทำการจัดฟัน (Pre-surgical orthodontic treatment) เพื่อจัดตำแหน่งฟันให้รับกับการสบฟันในอนาคตหลังการผ่าตัดปรับเปลี่ยน ตำแหน่งและรูปร่างของกระดูกขากรรไกร ขั้นตอนการจัดฟันนี้จะใช้ระยะเวลา 1-1/2 ปีขึ้นกับสภาพฟันและแผนการรักษาในผู้ป่วยเฉพาะรายไป 2.การผ่าตัดกระดูกขากรรไกร (Orthognathic surgery phase) การผ่าตัดจะเริ่มเมื่อการจัดฟันก่อนการผ่าตัดเสร็จสมบูรณ์ ก่อนการผ่าตัดผู้ป่วยจะได้รับการตรวจลักษณะโครงสร้างใบหน้าและการสบฟันอย่าง ละเอียดอีกครั้ง เพื่อสรุปแผนการผ่าตัดครั้งสุดท้ายร่วมกับผู้ป่วย ก่อนการผ่าตัดผู้ป่วยจะได้รับการตรวจร่างกายโดยละเอียด ร่วมกับการตรวจทางห้องปฏิบัติการที่จำเป็นซึ่งขึ้นกับผู้ป่วยแต่ละราย เช่นการตรวจนับเม็ดเลือด การตรวจปัสสาวะ การตรวจภาพรังสี เป็นต้น ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการเตรียมผู้ป่วยก่อนการให้ยาสลบทั่วไป การผ่าตัดปรกติจะใช้เวลาประมาณ 2-5 ชั่วโมงขึ้นกับชนิดของการผ่าตัด โดยปรกติผู้ป่วยจะอยู่ในโรงพยาบาล 2-5 วันก่อนที่จะกลับไปพักฟื้นต่อที่บ้านอีกประมาณ 1-2 สัปดาห์ ตัวอย่างการผ่าตัดกระดูกขากรรไกร (Orthognathic surgery) -การผ่าตัดถอยกระดูกขากรรไกรล่างไปด้านหลังในผู้ป่วยคางยื่น     -การผ่าตัดเลื่อนกระดูกขากรรไกรล่างไปด้านหน้าในผู้ป่วยคางเล็ก        -การผ่าตัดกระดูกขากรรไกรบนในผู้ป่วยฟันยื่น เห็นเหงือกมาก -การผ่าตัดใบหน้าไม่สมมาตร 3.ระยะการจัดฟันหลังการผ่าตัด (Post-surgical orthodontic treatment phase) หลังการผ่าตัด 4-6 สัปดาห์ผู้ป่วยจะได้รับการส่งต่อไปยังทันตแพทย์จัดฟันและปรับแต่งการเรียงตัวของฟันให้เข้ากับรูปร่างและตำแหน่งกระดูกขากรรไกรใหม่หลังการผ่าตัด ขั้นตอนนี้ใช้เวลาอย่างน้อย 6 เดือนจึงถือว่าสิ้นสุดการรักษา